氣相色譜儀色譜柱上如果有高分子不揮發(fā)性物質(zhì)殘留，那么在程序升溫時就容易產(chǎn)生基線漂移，因為這些物質(zhì)的保留較強，在柱中移動緩慢，可以采用重新老化的方法將這種強保留組分從柱子上趕出，但這種方法增加了固定液氧化的可能性。
此外，還可以使用溶劑沖洗氣相色譜儀色譜柱（沖洗之前請閱讀柱子的使用注意事項,以便選出合適的溶劑）；也可以安裝保護柱，這樣可以預(yù)防問題發(fā)生。
如果是氣相色譜儀進樣器被污染造成基線漂移，可以通過更換進樣墊、襯管和密封圈來解決，同時用溶劑沖洗進樣口，維護完畢之后，用一段熔融石英管將氣相色譜儀進樣器和檢測器連接起來，進一針空樣，以確認氣相色譜儀進樣器已經(jīng)干凈。
由氣相色譜儀檢測器帶來的基線漂移通常是由補償氣或者燃氣當(dāng)中少量的烴類物質(zhì)引起的，使用高純氣體凈化器處理補償氣或者燃氣可以減少這種基線漂移；氣相色譜儀使用高純氣體發(fā)生器可以改善FID的基線穩(wěn)定性；正確的氣相色譜儀檢測器維護，包括定期的清洗，都可以減少這種漂移。
氣相色譜儀能直接分析的樣品必須是氣體或液體，固體樣品在分析前應(yīng)當(dāng)溶解在適當(dāng)?shù)娜軇┲?，而且還要保證樣品中不含氣相色譜儀不能分析的組分（如，無機鹽）或可能會損壞色譜柱的組分。
